Potek bolezni je lahko različen, a vsaj na začetku poteka recidivno-remitentno (RR) pri 60 – 80 odstotkih obolelih. Pri RR-obliki multiple skleroze prvim simptomom oz. znakom sledi delno ali popolno izboljšanje. Simptomi oz. znaki se lahko večkrat ponovijo, poslabšanje imenujemo zagon. Ta je opredeljen kot pojav novih simptomov ali ponovitev prejšnjih, ki trajajo več kot 24 ur. O ponovnem zagonu govorimo, če je od prejšnjega minilo 30 dni in oseba nima povišane telesne temperature.

Bolezen pri 40 – 60 odstotkih oseb z recidivno-remitentno MS v 10 – 15 letih preide v sekundarno napredujočo (SP) obliko. Pri tej se klinični znaki postopoma nepretrgoma slabšajo, pri nekaterih so še lahko prisotni zagoni bolezni. Včasih je težko opredeliti prehod iz recidivno-remitentne oblike v sekundarno napredujočo obliko, saj za to ne obstajajo posebne laboratorijske preiskave ali specifični testi, temveč ocena temelji na klinični presoji nevrologa.

Pri primarno napredujoči (PP) obliki se simptomi in klinični znaki ves čas slabšajo brez vmesnih izboljšanj; takih je približno 15 odstotkov. Ljudje s primarno napredujočo obliko multiple skleroze so v povprečju starejši in za to obliko pogosteje zbolijo moški. Pogosto se pojavi šibkost spodnjih okončin s  povečanim mišičnim tonusom, pojavijo se motnje koordinacije, krči, težave z govorom ali požiranjem, bolečin in utrudljivost.

Poznamo tudi benigen potek bolezni, ki jo ima 15 – 20 odstotkov obolelih. Pri njih se tudi 15  let po začetku prvih simptomov ali znakov kaže le znatno napredovanje prizadetosti ali prizadetost sploh ne napreduje.